Poco se sabe de los orígenes de Villarquemado. Según la tradición popular, éste resulta anterior a la dominación árabe, momento en el que recibía el nombre de Villahermosa de las Tres Torres. Popularmente se cree que la denominación actual surge tras una invasión musulmana que destruyó la mayoría de edificaciones de la localidad.
Lo que sí sabemos es que la primera referencia documental a la existencia de Villarquemado la encontramos fechada el 31 de octubre de 1192 en un documento por el que Lope de Barea deja a Santa María de Perales una heredad en la aldea de “Villar cremado”.
Hasta su disolución, Villarquemado perteneció a la Comunidad de Aldeas de Teruel, integrándose en la sesma del Río Cella. A partir de ese momento pasa a pertenecer sucesivamente en la sobrecullida de Montalbán (1488-1495), a la vereda de Montalbán (1646) y al corregimiento de Teruel (1711-1833). En 1785 pasa de ser considerada aldea a lugar, rango que mantiene hasta 1834, año en el que se constituye como Ayuntamiento, primero del partido judicial de Albarracín y, a partir de 1965 del de Teruel.
Otros núcleos urbanos históricos del término municipal de Villarquemado son los caseríos de El Apeadero, Molino y Venta Pelada, todos ellos de pequeña entidad y deshabitados en la actualidad.